1500 ല് പോര്ച്ചുഗീസുകാരാണ് സെന്റ ആഞ്ചലോസ് എന്ന പേരില് കോട്ട നിര്മ്മിച്ചത്. പോര്ച്ചുഗീസ് വൈസ്രോയിയായിരുന്ന ഫ്രാന്സിസ് ഡി.അല്മേഡയുടെ നേതൃത്വത്തിലാണ് കോട്ടയുടെ പണിക്ക് തുടക്കമാവുന്നത്. ഇന്ത്യയിലെ ആദ്യത്തെ യൂറോപ്യന് നിര്മ്മിത കോട്ട എന്ന ബഹുമതി കണ്ണൂര് കോട്ടയ്ക്ക് സ്വന്തമാണ്.
ചെങ്കല്ലില് ത്രികോണാകൃതിയില് സ്ഥിതി ചെയ്യുന്ന കോട്ടയുടെ നിര്മ്മാണം 1507 ല് പൂര്ത്തിയായി. പിന്നീട് മലബാറിലെ സൈനിക കേന്ദ്രം എന്ന നിലയിലാണ് കോട്ട ശ്രദ്ധ നേടുന്നത്.പോര്ച്ചുഗീസുകാരും ഡച്ചുകാരും ബ്രിട്ടീഷുകാരും മലബാറിലെ അറയ്ക്കല് രാജവംശവുമൊക്കെ പലപ്പോഴായി കോട്ടയുടെ ചരിത്രത്തിലൂടെ കടന്നു പോയിട്ടുണ്ട്.കോട്ടയിലെ ഓഫീസുകളും തടവറകളും പോര്ച്ചുഗീസുകാര് നിര്മ്മിച്ചപ്പോള് കുതിരലായം ഡച്ചുകാരുടെ സംഭാവനയാണ്. കരയില് നിന്നുള്ള അക്രമണം തടുക്കുന്നതിനായി നിര്മ്മിച്ച കിടങ്ങ് ബ്രിട്ടീഷുകാരുടെ നിര്മ്മാണ വൈഭവത്തിന്റെ ഉദാഹരണമാണ്.ഇന്ത്യയിലെ സംരക്ഷിത സ്മാരകങ്ങളിലൊന്നായ കണ്ണൂര് കോട്ട അറബിക്കടലിനഭിമുഖമായാണ് നിലകൊള്ളുന്നത്.ത്രികോണാകൃതിയില് ഒരു വലിയപ്രദേശം മുഴുവന് പരന്നു കിടക്കുന്ന കോട്ട ഒരു ദിവസം മുഴുവന് നടന്നു കണ്ടുതീര്ക്കാന് മാത്രമുണ്ട്.കടലിലേക്ക് നോക്കിയിരിക്കുന്ന പീരങ്കികളും സൂര്യന്റെ നേര്ത്ത വെളിച്ചം കടന്നുവരുന്ന ജയിലറകളും ഒക്കെ കോട്ടയിലെ അത്ഭുതങ്ങളാണ്.